Nombreux sont en effet les esprits rebelles, les vains discoureurs, les séducteurs, surtout chez les circoncis.  Il faut leur fermer la bouche; ces gens-là bouleversent des familles entières, enseignant pour de scandaleux profits ce qui ne se doit pas.  L'un d'entre eux, leur propre prophète, a dit: "Crétois: perpétuels menteurs, mauvaises bêtes, ventres paresseux." Ce témoignage est vrai; aussi reprends-les vertement, pour qu'ils conservent une foi saine, sans prêter attention à des fables juives et aux prescriptions de gens qui tournent le dos à la vérité.

Il est donc juste que, le deuxième millénaire du christianisme arrivant à son terme, l'Église prenne en charge, avec une conscience plus vive, le péché de ses enfants, dans le souvenir de toutes les circonstances dans lesquelles, au cours de son histoire, ils se sont éloignés de l'esprit du Christ et de son Évangile, présentant au monde, non point le témoignage d'une vie inspirée par les valeurs de la foi, mais le spectacle de façons de penser et d'agir qui étaient de véritables formes de contre-témoignage et de scandale.

Exemple de décision d'inquisition : "De l'enquête [latin « Ex inquisitione »]... faite d'abord par ordre... de l'archevêque de Cologne, et finalement reprise sur notre ordre à la Curie romaine, nous avons appris qu'il est établi de évidente par les aveux du même Eckhart qu'il a prêché, enseigné, écrit vingt-six propositions dont la teneur suit : /.../

Exemple d’inquisition : Miguel de Molinos (1628-1696) est l’un des principaux fondateurs du quiétisme, qui influença ensuite  le piétisme luthérien. C’est une spiritualité où la passivité et l’ignorance sont excessives. Molinos eut un procès inquisitorial et fut obligé d’abjurer publiquement ses erreurs à l’église Sainte-Marie sur la Minerve, le 3 septembre 1687.

Chaque fois que l'annonce de l'Evangile s'accompagna d'une contrainte sur l'autre humain, d'une méconnaissance de sa liberté, et des exigences de sa conscience, elle se niait elle-même comme Bonne Nouvelle.

En Angleterre, au milieu du XVI° siècle. Si les deux cent victimes de Marie Tudor [victimes protestantes de Marie la catholique] ne dépassent pas sensiblement le nombres de celles de sa demi-sœur Elisabeth [victimes catholiques d'Elisabeth l’anglicane], leur supplice, concentré dans l'étroit espace de quatre années, produit un effet de masse ; de plus - et l'odieux en rejaillit sur le catholicisme - c'est au crime "d'hérésie" que l'on s'en prenait, et non, comme sous Elisabeth, au crime de "trahison" [la fidélité au pape des catholiques étant considérée comme une "trahison" vis à vis du roi Henri VIII, chef de l'Eglise anglicane].

Des personnes vinrent à moi, fort effrayées, me dire que les temps étaient difficiles, qu’il se pourrait qu’on témoigne contre moi et qu’on m’accuse aux inquisiteurs. Cela m’amusa et me fit rire, jamais Je n’ai eu peur de me trouver dans ce cas. Sachant bien qu’en tout ce qui concerne la foi plutôt que de paraître m’élever contre la moindre des cérémonies de l’Eglise, pour elle, ou pour n’importe laquelle des vérités des Saintes Écritures, j’étais prête à mourir mille morts ; je leur dis de ne pas avoir peur, que ce serait un grand malheur pour mon âme si quoi que ce soit en elle était de nature à me faire craindre l’inquisition ; que si je croyais qu’il y eût sujet, j’irais me présenter moi-même ; si c’était de la calomnie, le Seigneur me délivrerait et j’y gagnerais. J’en parlai à mon père, ce dominicain qui, comme je le dis, était si docte que ses paroles pouvaient me rassurer ; je lui dis alors aussi clairement que possible toutes les visions, les modes d’oraison, et les grandes faveurs que le Seigneur m’accordait, je le suppliai de bien y réfléchir, de me dire s’il y avait là quelque chose de contraire à la Sainte Écriture et tout ce qu’il en pensait. Il me rassura beaucoup.

En 1564, la commission de l'index [sous l'autorité du pape] porta un jugement favorable sur le catéchisme de Carranza [archevêque de Tolède], mais immédiatement, l'ambassadeur d'Espagne au concile [de Trente], le comte de Luna, vint protester contre une décision qu'il déclarait également injurieuse pour le tribunal de l'Inquisition en Espagne et pour le pape. /.../ 
L'inquisition espagnole aura de nombreux autres conflits avec les papes, et ce n'est pas l'un des moindres étonnements de l'historien de rencontrer en Espagne, avec tant de foi sincère et de dévotion ardente, une indocilité parfois si tenace à l'égard de l'autorité suprême de l'Eglise de Dieu.